Jag tror det är optimistiskt att detta skulle kunna göras med automatik, om man förväntar sig rimlig kvalitet. Jag tror till och med att det är svårt att manuellt göra det, om man inte har väldigt god kännedom om de släktgrenar som finns med.

Jag använder Disgen och hade tidigare en ganska rörig databas med olika släktgrenar. De flesta hängde dock ihop på något sätt.
Så här blev min metod:
Jag la upp flockar för varje släktgren jag ville isolera.
Sen valde jag den yngsta personen i den släktgren och la den personen ensam i en söklista.
Sen körde jag "utöka söklistan" i följande ordning, alla anor, alla ättlingar, föräldrar, barn och sist partners.

Då fick jag en ren och komplett gren, med kompletta familjer, som kunde flyttas till sin flock.
Sen nästa och så vidare.
När man gjorde de senare visade sig också personerna som kopplade samman två släktgrenar genom sin avvikande flockbeteckning.

Lite jobbigt är det initialt men det är betydligt enklare sen när det är klart.
Fördelen är nu att jag kan avgöra själv om jag vill jobba i utpekade flockar eller om jag vill jobba med hela databasen.

Använder du inte Disgen så har kanske ditt släktforskningsprogram några liknande funktioner.