Meddelandet tyder på att det är GEDCOM filen som innehåller felaktiga referenser.
Det är inte ett Disgen 2016 problem utan ett fel i levererande program.
Kör GEDCOM filen genom indatakontrollen på Dis websida rgd.dis.se så kan det kanske framgå vad/var problemet ligger.
Tycker du det är knepigt så kontakta mig skall jag försöka hjälpa.