Sten-Sture!
Det är utmärkt att du ställer dessa frågor, så vi kan få klarhet i hur det fungerar.
Enligt mina tester så sparas dina val vad gäller gränsvärden alltid, även efter att du startar om Disgen. Och dina gjorda val gäller just den datamapp du arbetar med. Har du flera datamappar då kan du ha olika gränsvärden i olika datamappar, allt efter behov.

Att återställa dina valda gränsvärden gör du i Menyraden: Verktyg > Inställningar > Återställ > Återställ allt.

Som jag ser det så är det väl då enbart valet av flaggor som du ytterligare önskar skall sparas mellan de olika analyserna.